Existem 22 missões na campanha single-player do Fallout Tactics, incluindo a missão bônus disponível após instalar um bonus pack (pack bônus, em português). Depois de completar uma missão, você deve retornar ao Bunker da Brotherhood, aonde você recebe também a próxima missão pelo General que se encontra nele (primeiro Barnaky e depois Dekker) ou você também pode escolher entre duas missões a qual você preferir fazer primeiro já que é necessário completar todas as missões de qualquer jeito, com o porém de poder decidir a ordem que elas vão ser cumpridas.